Con DGR XI/751 in data 5 novembre 2018 è stato nominato nuovo Presidente di ALER Varese–Como–Monza Brianza–Busto Arsizio l'arch. Giorgio Bonassoli, insediatosi in Azienda il 19 novembre 2018 (D.P. n. 124).
Ai sensi dell'art. 11 della Legge Regionale 8 luglio 2016 n. 16, il Presidente è legale rappresentante e amministratore unico dell’ALER e sovrintende all’attuazione degli indirizzi stabiliti dalla Giunta Regionale. La nomina del Presidente spetta alla Giunta Regionale, ai sensi della legge regionale 10 dicembre 2008, n. 32; l’incarico ha termine al compimento del sesto mese successivo alla scadenza della legislatura regionale ed è rinnovabile una sola volta.
Le competenze del Presidente sono definite all'art. 11, comma 4, della citata L.R. 16/2016.
Con Decreto Presidenziale n. 45 del 31 maggio 2019 è stato nominato Direttore Generale il dott. Marco Praderio, in carica dal 1°giugno 2019.
Al Direttore Generale, la cui nomina è di competenza presidenziale, spettano la gestione finanziaria, tecnica ed amministrativa, compresa l'adozione degli atti che impegnano l'ente verso l'esterno, mediante autonomi poteri di spesa, di organizzazione delle risorse umane e strumentali e di controllo nei limiti stabiliti dallo statuto; il Direttore Generale è responsabile della gestione e dei relativi risultati (rif. L.R. 16/2016 art. 12).
Con la Legge Regionale di riforma, n. 17 del 3 dicembre 2013, è stato introdotto fra gli Organi Amministrativi delle ALER il “Consiglio Territoriale”, la cui nomina spetta alla Giunta Regionale in base ad apposito elenco, aggiornato periodicamente, in cui sono inseriti i sindaci dei comuni, sede di edifici di proprietà o in gestione ad ALER, dell’ambito territoriale di ciascuna ALER, che ne facciano richiesta.
Il Consiglio Territoriale esprime pareri, anche di propria iniziativa, sui provvedimenti di competenza del Presidente individuati dallo Statuto.
Il Consiglio Territoriale dell’ALER di Varese – Como – Monza Brianza – Busto Arsizio non è ancora stato nominato.
Il Collegio dei Sindaci di Aler Varese Como Monza Brianza Busto Arsizio è stato nominato con DCR XI/455 in data 19 febbraio 2019 per quanto attiene il Presidente Dott. Beniamino Lo Presti e con DCR XI/1799 del 2 febbraio 2021 per quanto attiene i componenti Dott.sa Gianfranca Crippa e Dott. Andrea Maspero.
I tre membri del Collegio sono nominati dal Consiglio Regionale tra esperti in materia di amministrazione e contabilità iscritti all'albo dei revisori dei conti.
Il Collegio dei Sindaci svolge le funzioni di controllo a norma degli articoli 2397 e seguenti del codice civile e del regolamento di amministrazione e contabilità dell'ALER. Esso ne verifica l'economicità e l'efficienza della gestione.